Skiathos heeft een mediterraan klimaat met warme, droge zomers en milde winters. De beste periode om te genieten van het strand en de zee is van eind mei tot eind september, wanneer de temperaturen variëren van 25 tot 30 graden. In juli en augustus kan het erg warm worden, dus het is belangrijk om voldoende water te drinken en zonnebrandcrème te gebruiken. De maanden januari, november en december zijn de natste maanden, terwijl juni de droogste maand is. Voor degenen die van wandelen houden, is het het beste om in het voorjaar te gaan, wanneer de flora en fauna van het eiland op zijn mooist zijn. In de winter kan het regenen en waaien, maar de temperaturen blijven mild, met een gemiddelde maximumtemperatuur van 16 graden in januari.